La Cathédrale Saint-Vincent possédait un Grand-Orgue construit à la fin du XIXème siècle, qui a été détruit lors des bombardements d'août 1944. Après bien des vicissitudes, un nouvel orgue a pu être construit par la manufacture alsacienne KOENIG, et inauguré le 10 août 1980.
L'instrument, entièrement mécanique, a été conçu dans un esprit esthétique qui s'adapte particulièrement à la musique baroque, avec toutefois un début d'ouverture à la musique romantique et contemporaine.
Cet orgue, qui a sa place primordiale dans la liturgie, n'en est pas moins entendu lors de récitals et d'auditions, au cours du Festival de Musique Sacrée. Les interprètes invités à le faire sonner sont tout autant les organistes renommés, que les jeunes diplômés des Conservatoires, ou lauréats des concours. L'instrument est également accessible, pour l'étude et les auditions publiques, à la classe d'orgue du Conservatoire de Saint-Malo.
Un disque compact enregistré par Olivier PERIN, organiste titulaire à Saint-Paul - Saint-Louis de PARIS, est disponible à la Cathédrale.